La Fondation dispose d’un conseil d’administration de douze membres divisé en trois collèges égaux : les représentants des fondateurs, l’administration, les personnalités qualifiées. La Fondation Varenne dispose de deux sièges : à Clermont-Ferrand, sous la direction de Philippe Page (directeur général) et à Paris, sous la présidence du président de la Fondation Varenne, Jacques Mailhot. Elle est aidée par une équipe d’une dizaine de bénévoles pour mener à bien ses missions statutaires.